南宁海关成立于1951年10月9日，总关设在广西壮族自治区首府南宁。按照党中央关于深化党和国家机构改革的决定，从2018年4月20日起，原检验检疫管理职责和队伍划入海关。在顺利推进关检机构改革后，南宁海关在原有进出口货物监管、税收征管、打击走私、编制统计等职能基础上，增加卫生检疫、动植物检疫、商品检验、进出口食品安全监管等职责。目前，南宁海关设置正处级内设机构18个、正处级隶属海关23个和风险防控分局1个；缉私局（副厅级）设置正处级内设机构10个和副处级内设机构1个，下辖正处级隶属缉私分局11个；所属正处级事业单位4个。关区建成34家实验室，其中，国家检测重点实验室12家、区域实验室7家、常规实验室15家。
南宁海关辖区为广西壮族自治区行政区域，现有国家开放口岸18个、边民互市贸易区（点）26个。
南宁海关以习近平新时代中国特色社会主义思想为指引，深入落实海关总署 铸忠诚、担使命、守国门、促发展、齐奋斗 工作要求和 12个必 重点任务、 1+1+6 重点工作，全面贯彻智慧海关理念和要求，弘扬 求实、扎实、朴实 文化，强化监管优化服务，改革创新，锐意进取，奋力建设新时代中国特色社会主义新海关。
中国海关实行关衔制度。关衔设五等十三级。分别为一等：海关总监、海关副总监；二等：关务监督（一级、二级、三级）；三等：关务督察（一级、二级、三级）；四等：关务督办（一级、二级、三级）；五等：关务员（一级、二级）。
